高壓泵工作正常的情況下，系統(tǒng)壓力和流量穩(wěn)定，噪音很小，色譜峰形正常。與之相反，在離子色譜儀的高壓泵工作不正常的情況時，系統(tǒng)壓力波動較大，產(chǎn)生噪音，基線的噪音加大，流量不穩(wěn)并導(dǎo)致色譜峰形變差(出現(xiàn)亂峰)。產(chǎn)生以上情況原因有以下幾種：
1、離子色譜儀的淋洗液的脫氣與泵內(nèi)氣泡的排除
離子色譜儀初次使用或更換淋洗液時，管路中的氣泡容易進(jìn)入泵內(nèi)，造成系統(tǒng)壓力和流量的不穩(wěn)定，對于一些容易產(chǎn)生氣體的溶液如加入甲醇淋洗液，可先用真空脫氣的辦法除去溶液中大部分氣體，再于系統(tǒng)中用惰性氣體(氦氣或高純氮氣)在線脫氣的方法處理。已進(jìn)入離子色譜儀的泵內(nèi)的氣泡可以通過啟動閥排除。具體方法是：先停泵，用一個10ml注射器在啟動閥處向泵內(nèi)注射去離子水或淋洗液，可反復(fù)幾次直到氣泡排除為止，然后再將泵啟動。
2、離子色譜儀系統(tǒng)壓力波動大，流量不穩(wěn)定
系統(tǒng)中進(jìn)入了空氣，或者單向閥的寶石球與閥座之間有固體異物，使得兩者不能閉合密封，需卸下單向閥浸入盛有乙醇的燒杯用聲波清洗。分析泵上的壓力傳感器有故障時也會造成壓力波動，應(yīng)檢查傳感器旋鈕上的O型密封圈是否有磨損。
3、漏液
離子色譜儀的泵密封圈變形后，在高壓下會產(chǎn)生泄漏。泵漏液時，系統(tǒng)壓力不穩(wěn)定，儀器無法工作，為延長密封圈的使用壽命，在使用了濃度較高的堿以后，要用去離子水清洗泵頭部分，以防產(chǎn)生沉淀物。
4、系統(tǒng)壓力升高
在離子色譜儀系統(tǒng)的壓力過正常壓力的30%以上時，可以認(rèn)為該系統(tǒng)壓力不正常。壓力升高與以下幾種情況有關(guān)：
(1)離子色譜儀保護(hù)柱的濾片因有物質(zhì)沉積而使壓力逐漸升高。更換濾片。
(2)離子色譜儀的某段管子堵塞造成系統(tǒng)壓力突然升高。逐段檢查，更換。
(3)室溫較低時如低于10℃時，系統(tǒng)壓力會升高。設(shè)法使室溫保持在15℃以上。
(4)當(dāng)有機(jī)溶劑與水混合時，由于溶液的粘度，密度變化壓力亦會升高。
(5)流速設(shè)定過高使壓力升高，應(yīng)按照色譜柱的要求設(shè)定分析泵的流速。
5、系統(tǒng)壓力降低或無壓力
離子色譜儀系統(tǒng)有泄漏時，壓力會降低。仔細(xì)檢查各種接頭是否擰緊。此外，當(dāng)系統(tǒng)流路中有 氣泡存在，進(jìn)入泵內(nèi)形成空穴，啟動泵后系統(tǒng)無壓力顯示，亦無溶液流出，為避免上述問題，流動相的容器要加壓(≤0.03MPa);在儀器初次使用或更換淋洗液時要注意排除輸液管路內(nèi)的空氣。
